Если в Киото нужен особенный отель подороже, а не просто удобное место для ночевки, то проверенный чатом вариант – Sora Niwa Terrace Kyoto.

Он находится в самом удобном по логистике районе (по ссылке описаны варианты подешевле), от него пешком можно дойти до квартала Гион, у него есть собственный натуральный горячий источник, а с террасы и бара на крыше открывается отличный вид на старинный Киото и холмы вдалеке.

Это не рёкан, а современный отель (слегка в японском стиле), но в дух Киото отлично вписывается. Отзывы на него можно почитать тут, тут, тут и тут.